企业合并的税务处理主要分为一般性税务处理和特殊性税务处理两种情况，具体处理方式如下：
一般性税务处理
计税基础的确认
合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。
所得税处理
被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
亏损处理
被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
特殊性税务处理
计税基础的确认
合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
所得税处理
被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继，包括亏损的弥补，但可能有限额规定。
股东层面的所得税处理
被合并企业的股东分得的剩余资产相当于累计未分配利润和累计盈余公积中按股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于投资成本的部分，应确认为投资转让所得或损失。
增值税处理
增值税征税范围
纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围。
股权支付
如果转让的是非上市公司股权，则依然不征增值税；但如果转让的是上市公司股权、限售股，则需要按“转让金融商品”征收增值税。
印花税处理
印花税
公司合并涉及产权转移书据和股票，需要缴纳印花税。
建议
企业在进行合并时，应根据自身实际情况选择合适的税务处理方式。一般性税务处理适用于大多数情况，但特殊性税务处理在某些特定条件下可能更为有利。在实际操作中，建议咨询专业税务顾问，以确保选择最合适的税务处理方式，降低整体税收负担。
