伏邪疾病的治疗，仍然要在中医理论的指导下辨证论治。
前人总结归纳的汗、吐、下、和、温、清、补、消八法及其各种具体的治疗方法，仍然是我们治疗伏邪疾病的主要武器。
下面介绍伏邪疾病的常用治法，虽然不出八法之外，但“散之不解，邪非在表；攻之不驱，邪非着里”，临床上治疗的一些治法又有其特殊的地方，故于下面逐一介绍。
一、专药向导，直捣募原
伏邪理论认为募原为藏邪之所，为病邪之巢穴。
病邪在募原安营扎寨，滋生蔓延、发展壮大，成为伏邪疾病缠绵难愈的根源，又称为“宿根”。治疗伏邪疾病，就是要想方设法除掉病根，其一是疏利邪气，使病邪透出募原，另外就是直捣募原，毁其巢穴。
直捣募原，临床具体用药的方法：
其一是处方用药必须有直达“募原”之药为向导，开达募原，疏利邪气。
如达原饮中的草果、槟榔、厚朴，以及《得配本草》中记录的草豆蔻、常山、青皮、槟榔、厚朴、羌活等类，祛其“募原”之伏邪。
《罗氏会约医镜》说达原饮：“以槟榔能消能磨，除伏邪为疏利之药，又除岭南瘴气；厚朴破戾气所结；草果辛烈气雄，除伏邪盘踞。三味协力，直达巢穴，使邪气溃散，速离膜原，是以为达原也。”
其二是考虑使用一些特殊的药物，如常山、草果、槟榔之属，捣毁其巢穴。
其三是邪伏“募原”，常常使气机不能流通，阴阳不能升降，表里壅塞，犹须时时注意疏利气机，“募原清则气皆清，表里尽解矣”（《伤寒论翼》）。
四曰邪伏“募原”，气机不畅，常有痰浊、瘀血、食滞、秽浊停聚，又当祛之、除之、逐之、化之、导之、涤之、消之。
五曰祛除“募原”之邪要注意因势利导。
六曰扶正祛邪。邪伏募原，暗耗气血，损伤脏腑。
即使在疾病的隐匿阶段，虽然症状不明显，气血的耗伤、脏腑的隐性损伤已经存在；在邪实阶段，虽然虚象不明显，而病邪对脏腑的潜在损伤在所难免。
祛除伏邪，要时时审视邪正双方消长的情况，审时度势，适时选用扶正驱邪之法。
二、放邪外出，畅通出路
伏邪疾病，由于邪伏日久，常常有气机郁滞和邪毒壅遏。
气机郁滞，一为病邪阻滞；一为七情所伤；一为脏腑功能损害，正虚无力升降；一为误用寒凉，冰遏气机。
故《千金方》指出：“诸病皆因血气壅塞”。
邪毒壅遏，一方面邪伏募原，日久邪盛鸱张壅郁成患；伏邪疾病又常常有脏腑损伤，邪伏脏损，机体代谢缓慢，痰瘀浊毒停留，壅蓄体内。
此时，驱邪外出，必须畅通出路，邪有出路，才能破壅放邪，病邪驱出，常常能收到桴鼓之效，甚至起死回生。
放邪外出，一要就近排邪；二要在邪正斗争的机转中寻找契机，因势利导；三要疏畅气机，疏利三焦，透达病邪。
《内经》“火郁发之”就是名训。
何廉臣谓：“伏邪既久，气血必伤，故灵其气机，清其血热，为治伏邪第一要义。”
何廉臣所谓“灵其气机”，虽然讲的是伏气温病的治疗，其他伏邪疾病的治疗又何尝不是如此。《临证指南医案》亦指出：”唯通则留邪可拔耳。”
四要畅通出路，邪气外出的出路，有皮肤肌腠毛孔、五官九窍等等，畅通出路则能开门逐邪。
不仅是用药如此，就是外治、针灸亦要遵循这个原则，如《素问·调经论》就说：“泻实者气盛乃内针，针与气俱内，以开其门，如利其户；针与气俱出，精气不伤，邪气乃下，外门不闭，以出其疾；摇大其道，如利其路，是谓大泻，必切而出，大气乃曲。”
“放邪外出”常用的治法有下面几个方面。
泻下通便，逐邪外出。
以仲景所创诸承气汤为代表，用于消化系统疾病、急腹症、慢性肾炎尿毒症等邪伏于内，气机壅塞者。亦用于高血压病、急性脑血管疾病、精神疾患等等，可放胆使用。
宣泄透邪。
对病邪内伏，病势向外者，或邪伏部位较浅者，如头面、肌肤、毛发、关节等部位者。有时，病位虽然较深，但病之来路就是病之去路，也要宣透达表治疗。
疏利三焦。
三焦是水湿运化的道路，又是气机升降的通道，还是气化的场所。三焦总司全身气机和气化的功能。
故《难经》说：“三焦者，气之所终始也”、“主持诸气”、“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历五脏六腑”。
《素问·灵兰秘典论》说：“三焦者，决渎之官，水道出焉。”因此，疏利三焦、灵其气机对于畅通邪气之出路，有重要意义。
《中藏经》指出：“三焦通，则内外左右上下皆通也，其于周身灌体，和内调外，荣左养右，导上宣下，莫大于此者。”
《医寄伏阴论》说：“膜原在胸膺之内，夹脊之前，正经胃交关之所，为诸经之总会也。阴邪踞此壅遏气机，清无所生，浊无所纳，三焦表里之气血，皆为所阻。”
故治疗伏邪疾病，疏利三焦是关键。尤其是水湿停聚，痰饮内停，壅遏气机者，更要注意疏利三焦。故《临证指南医案》指出：“凡伤寒必究六经，伏气须明三焦。”此之谓矣。
三、分消孤邪，驱邪外出
治疗多种邪气相挟为患的温病，叶天士首次提出分消孤邪的治疗方法。
在《温热论》中，对于湿热相挟为患的疾病，治疗首当祛其湿邪，湿去而不与热邪相博，则邪热易祛。
说：“渗湿于热下，不与热相博，势必孤也矣”、“热自湿中而出，当以湿为本治”，强调“湿不去则热不除”。
对于温热类温病，风邪与热相挟，又主张“透风于热外”，也属分消孤邪的方法。
可见所谓分消，主要是使相挟作患、复合为病的病邪分开，从而使病邪孤立无援，达到各个击溃的目的，当然分消之法还包括使病邪从多渠道、分部位消散。
叶氏所创分消孤邪的方法，常常与疏利气机的治疗方法合用，疏利气机则灵动气血，使相挟为患之病邪不易聚集、壅郁，故又有分消走泄之称；
分消之法还经常与透、泄二法合用。
所谓透，是指使邪气由里向外透达，阻止病邪向里深陷而驱邪外出。所谓泄是指畅通病邪外出的通路。
治疗湿热类温病，叶氏善用分消走泄之法，用辛开苦泄之品，开上、畅中、渗（导）下，从三焦分治，使湿邪与热邪分隔而解之。
在伏邪疾病的治疗中，祛邪是第一要义。分消孤邪的治疗方法，应用于伏邪疾病的治疗有广阔的天地。
不但用于湿热相挟，风热相挟疾病的治疗，还用于其他六淫复合为患的疾病、痰瘀互结的疾病及气分血分皆有病邪、上、中、下三焦皆有病邪的疾病，皆宜分消其邪。
《临证指南医案》中就有“伏梁病在络，宜气血分消”之案例。
四、虫类搜剔，伏邪缓攻
叶天士在《内经》的基础上发展了络病学说，并且提出了邪伏支络的假说，邪伏支络，往往疾病荏苒，正如《临证指南医案》谓：“邪与气血混成一所，汗、吐、下无能分其邪。”
叶氏又说：“经年累月，外邪留着，气血皆伤，其化为败瘀凝痰，混处经络”（《清代名医医案精华》）。
这是因为邪伏支络，正邪混处，发为络病，治疗困难，汗吐下无能分其邪，扶正祛邪也无能为力，不是一般攻补之法所能治疗，常常陷入几难的境地。
《临证指南医案》又说：“散之不解，邪非在表；攻之不驱，邪非着里；补正却邪，正邪并树无益。”
此种情况，只考虑攻邪，“攻坚过急，药先入胃，徒致后天气乏”，只治其末，未治其本，徒伤正气，反而使病邪日渐痼结，邪伏日深，病情日重，缠绵难愈。
对此，叶天士总结出伏邪缓攻的策略。
《临证指南医案》说：“疟邪久留，结聚血分成形，仲景有缓攻通络方法可宗……必疏补两施，盖缓攻为宜”，“用攻法宜缓宜曲”。
然而，邪伏支络，又非一般的扶正攻邪药物所能胜任，叶氏指出：“深虑邪与气血混成一所，汗吐下无能分其邪耳，后汉张仲景，推广圣经蕴奥。
谓疟邪经月不解，势必邪结血中，有癥瘕疟母之累瘁，制方鳖甲煎丸，方中大意取用虫蚁有四，意谓飞者升、走者降、灵动迅速，追拔沉混气血之邪。
盖散之不解，邪非在表；攻之不驱，邪非着里；补正却邪正邪并树无益。故圣人另开手眼，以搜剔络中混处之邪”，“辄仗蠕动之物，松透病根”。
病邪深伏，毒根深藏，必仗虫蚁蠕动之物，峻烈之品，才能松动病根。
用峻烈之药，又怎么说是缓攻呢？叶天士认为峻药制丸，可以达到峻药缓图的目的。
他说：“攻法必用丸以缓之，非比骤攻暴邪之治，当用稳法。”
此说对后世产生了深远的影响，石寿棠《医原》说：“欲其缓化，则用丸药，取丸以缓之之义”，“若不知络病宜缓通治法，或妄用急攻，必犯癥瘕为蛊之戒”。
五、邪结病痼，痰瘀毒并治
缠绵难愈的顽症痼疾，邪伏脏损，多有内生之毒蓄积，并且与痰瘀等病理产物互结，相挟为患。
痰瘀毒等内生之邪又互相影响，相互滋生，狼狈为奸，所以伏邪疾病每多痰瘀毒。
痰瘀互化，前面已论及，痰一旦形成，胶着黏腻，滞塞脉络，导致血瘀，瘀血又易生痰，痰瘀常常间夹为患。关于毒邪，此处主要指内生之毒。
《金匮要略心典》说：“毒，邪气蕴结不解之谓”。
中医理论认为，毒邪为患具有凶、顽、难、痼的特点，易与痰瘀相挟为病。
痰瘀久蓄，容易化毒，毒寓于邪，毒随邪生；另一方面，毒邪内壅，气血不畅，瘀由毒起，痰由毒生。
内生之毒多指人体内代谢产物堆积，如现代医学中的渗出物、毒性氧自由基、酸中毒、炎症介质、细胞毒素等等。
因此可以说变由毒起，毒能伤阴耗气、害人脏真，腐肉伤血，损伤脏腑器官，毒可生热。
毒邪常常与痰瘀诸邪胶结，毒根深藏，疾病根深蒂固，为害尤甚。
治疗当痰瘀毒并治，具体用药又要根据邪踞部位、痰瘀毒之因果关系和孰轻孰重，使用不同的治疗方法。
