圣保罗堂
圣保罗教堂座落在文化古城南京市太平南路396号，由美国圣公会（Episcopal Church U.S.A.）传教士季盟济牧师于1912年至1913年建成副堂，主堂由美国的一位母亲为纪念一战中牺牲的儿子而捐资建造用于祈祷世界和平，建成于1922～1923年。圣保罗堂典雅精致，按照当时西方流行的复古主义形式设计，它的外观是地道的罗马哥特式建筑，内在结构则采用中国传统的构架，在堂内两侧的墙上，每边各砌有五块白石经文碑刻，为历史珍贵文物。其目的为鞭策信众跟随上帝并将基督之爱撒满人间。
六合基督教堂
六合基督教堂坐落在六合闹市区的“金宁广场”西侧（六合区雄州街道前街24号），教堂始建于1924年，由美国俄亥俄贵格会建造。为哥特式建筑，结构为砖木结构，主堂建筑面积为841平方米。1982年落实政策，将教堂产权无条件归还给教会进行维修，同年10月由六合县政府报南京市政府批复，同意恢复宗教活动。
浦口堂
浦口堂的前身——圣洁教会，始建于一百多年前，原址在东门左所大街164号，面积为143平方米。1992年移址重建，占地4.5亩，面积639.3平方米，外型为哥特式，庄严美观。于1993年11月新堂竣工落成，是浦口区是最大的一座教堂。如今浦口堂约有一千多名信徒，堂代点十几个。牧师、长老、按立传道人、认定传道人、神学生以及经过省、市培训中心培训的义工多名。随着教牧队伍的发展和信徒属灵生命的需要，浦口堂还建造了培训中心楼。
江苏路堂
江苏路堂原名山西路堂，前身是灵光堂，始建于1941年，至今已有70多年的历史。江苏路堂坐落于鼓楼区，毗邻颐和路民国公馆建筑风貌区和鼓楼区政府。江苏路堂占地500多平方米，建筑面积800多平方米，分楼上五层，地下一层。教堂建筑拔地而起，若从教堂的正前方看去，庄严肃穆，巍峨挺拔；从侧面看，则有如方舟的船头，劈波斩浪。
莫愁路堂
莫愁路堂是南京基督教建堂历史最早的教堂。清同治12年（1873）美国北长老会韦理夫妇，次年李满夫妇来南京传道，在汉西门四根杆子路（今莫愁路）建“四根杆子礼拜堂”。光绪10年（1884），建明德女子中学（今南京幼儿高等师范学校），内有小礼拜堂。光绪14年（1888），李满在明德女中东面建 “耶稣会堂”，可容400人。《暗室之后》的作者蔡苏娟姊妹是其中的信徒。宣统2年（1910年），聘请山东的孙喜圣为牧师，共17年，为本堂首任华人牧师。
